İşletim sistemleri değiştikçe kullandıkları dosya sistemlerde değişmektedir. Bunun en temel nedeni dosyaların çalışma mantığı ve dosyaların kapladığı alanla ilgili olmaktadır FAT, FAT32, NTFS ve şimdide Protogon dosya sistemi ile karşılaşıyoruz. Protogon dosya sistemi Windows 8 ile beraberinde gelecek dosya sistemidir. Diskinizi biçimlendirdiğiniz zaman bu dosya sistemi ile çalışmaya başlayacaktır. Bir diskin protogon olarak biçimlendirebilmek için kapasitesinin en az 512 MB olması gerekmektedir. Windows 8’in final sürümünde bu özelliği görüp görmeyeceğimiz ve NTFS’nin yerine geçip geçmeyeceği henüz tam olarak belli değil çünkü Microsoft tarafından yapılan bir resmi açıklama yok, Microsoft daha önce Vista işletim sisteminde WinFS adında bir dosya sistemini denemişti ancak işletim sisteminin final sürümünde başarısızlıkla sonuçlandığı için desteğini geri çekmişti. Protogon dosya sisteminin çalışma mantığı FAT, FAT32 ve NTFS formatlarından çok daha farklı çalışacak.